In den 1980er Jahren gründete der Fischer Verlag die Taschenbuchreihe Fischer BOOT für junge Leserinnen und Leser; die Reihe wurde allerdings nach einigen Jahren wieder eingestellt. 1994, mehr als hundert Jahre nach der Gründung des S. Fischer Verlages, wurde dann das Kinder- und Jugendbuchprogramm Fischer Schatzinsel als Taschenbuchreihe ins Leben gerufen. Autorinnen und Autoren des Verlages wie Reiner Kunze, Luise Rinser und Dieter Kühn wurden mit ihren Kinderbüchern vorgestellt, Kinder- und Jugendbuchautorinnen wie Cornelia Funke, Sharon Creech, Sabine Ludwig und Marliese Arold verlegt. Obwohl es sich zunächst um ein Taschenbuchprogramm handelte, wurden bereits 1996 die ersten gebundenen Bücher herausgegeben, beginnend mit Sylvia Plaths Max Nix mit Illustrationen von Rotraut Susanne Berner. Das Programm wurde in den nächsten Jahren um Bilderbücher und Pappbilderbücher für die Allerkleinsten erweitert. 1999 gründete der Verlag ein Taschenbuchimprint für junge Erwachsene, die Reihe Fischer generation. Später wurden auch Sachbücher für Kinder ins Programm aufgenommen.

Seit 2013 sind alle Titel des Programmsegments unter dem neuen Namen ›Fischer Kinder- und Jugendbücher‹ gebündelt. Ob gebunden oder broschiert, ob erzählend oder sachbezogen – gemeinsam ist allen Büchern ihre Qualität in Bezug auf Sprache, Inhalt, Illustration und Verarbeitung. Und auch wenn sie nicht mehr von der ›Schatzinsel‹ kommen, sind es dennoch echte Schätze.

Etwa die Hälfte des Programms besteht aus Übersetzungen aus anderen Sprachen. So erscheinen die Titel von Sharon Creech auf Deutsch exklusiv bei Fischer, und die Gedichte und Geschichten für Kinder von S. Fischer-Autor Robert Gernhardt finden in der Reihe ›Die Bücher mit dem blauen Band‹ ihre adäquate Heimat.

Außerdem erscheinen bei Fischer KJB neben anderen, Originalausgaben und Taschenbücher von Kirsten Boie, Dagmar Chidolue, Jana Frey, Cornelia Funke, Beate Teresa Hanika, Sabine Ludwig, Günter Ohnemus, Tanya Stewner sowie Übersetzungen aus dem Französischen, z.B. von Marie-Aude Murail, und aus dem englischsprachigen Raum von John Boyne, Liz Kessler, Patricia McCormick, Meg Rosoff und Sheridan Winn.

Namhafte Illustratorinnen und Illustratoren wie Nina Dulleck, Susanne Göhlich, Franziska Harvey, Regina Kehn, Anke Kuhl, Eva Schöffmann-Davidov, Barbara Scholz, Karsten Teich und Sabine Wilharm geben den Fischer Kinder- und Jugendbüchern ihr besonderes Erscheinungsbild.